Используя информацию из историй болезней пациентов на разных стадиях воспалительного заболевания кишечника (ВЗК), нью-йоркские ученые разработали первую в мире генную прогностическую модель этой патологии.
Статья под названием «Функциональная геномика определяет регуляторы воспалительного заболевания кишечника” была опубликована 11.09.2017 в журнале Nature Genetics.
Предыдущие исследования выявили более 200 генов, которые играют определенную роль в ВЗК, но эти данные были предоставлены не в той форме, которую можно было бы использовать в создании модели, предсказывающей зарождение и развитие заболевания.
Для разработки компьютерной прогностической модели исследователи из школы медицины Икан в Маунт-Синай в Нью-Йорке и других учебных заведений использовали данные трех групп пациентов на разных стадиях заболевания.
Модель учитывает сложную сеть биологических путей, участвующих в иммунной реакции при воспалительном заболевании кишечника. Это означает, что основное внимание уделяется механизмам, регулирующим эту патологию.
В дополнение к данным о лечении пациентов, для создания рабочей модели ученые использовали информацию об их вариациях ДНК, экспрессии генов и механизмах, регулирующих их заболевание. Экспрессия генов — это процесс, в ходе которого наследственная информация от гена (последовательности нуклеотидов ДНК) преобразуется в функциональный продукт — РНК или белок.
Эти результаты демонстрируют, сколько мы выиграем за счет организации огромного количества молекулярных и клинических данных с использованием передовых подходов, которые, в свою очередь, могут быть запрошены для генерации новых данных относительно ВЗК.
Наша прогностическая модель служит хранилищем знаний, которое обеспечивает более глубокое понимание причин развития и прогрессирования ВЗК, включая определение основных регуляторов болезни, которые могут быть изучены в качестве новых терапевтических мишеней.
Eric Schadt ведущий автор исследования
Анализ информации о генах пациентов, механизмах, регулирующих их заболевания, и о том, как они между собой взаимодействуют, позволили исследователям создать иммунно-регуляторную сеть ВЗК.
Создавая многоплановые прогностические модели иммунного компонента ВЗК на разных стадиях заболевания, эта работа помогает научному сообществу двигаться к более полному пониманию сложной молекулярной сети этой патологии.
Я с нетерпением жду открытия всеобщего доступа к этой новой базе знаний. Думаю, она будет весьма информативной для коллективных усилий исследовательского сообщества ВЗК по определению новых целей и, в конечном счете, новых методов лечения язвенного колита и болезни Крона.
Scott Snapper, профессор Гарвардской медицинской школы
